벡터 이름은 어떻게 부여되는가?

벡터에 사용되는 컴포넌트(예: promoters & ORFs)는 대부분 자동으로 이름이 부여됩니다. 이들 컴포넌트 이름은 최종 벡터 이름을 생성하기 위해 자동으로 assemble됩니다. 벡터 이름 부여 규칙은 아래와 같습니다.

벡터 구성 요소에 이름을 부여하는 규칙(예: promoters, ORFs or linkers)

  • VectorBuilder의 구성 요소 컬렉션: 구성 요소의 일반적인 이름이 사용됩니다.
    Example: CMV, EGFP, Neo

  • VectorBuilder의 유전자 기반 데이터베이스에서 검색된 ORF:l  ORF 이름은 유전자 기호 뒤에 괄호화된 RefSeq accession (또는 RefSeq 주석이 없는 종은 gene ID)으로 구성됩니다. 종 약어는 소문자로 유전자 기호 앞에 위치합니다.

    • Human, mouse, rat은 각각 "h", "m", "r"이라는 한글자의 약어로 부여됩니다.
    • 주요 생물종은 두 글자의 약어가 할당됩니다. 예를 들어 cat은 "ct"이고 chimpanzee는 "ch"이고 dog은 "dg"입니다.
    • 그 외의 생물 종은 그들의 학명을 세 글자로 약칭하고, 그 뒤에 밑줄(_)을 씁니다. 약칭의 첫 글자는 속명의 첫 글자에 해당하며, 약칭의 두번째, 세번째 글자는 종명의 처음 두 글자에 해당합니다. 예를 들어, Drosophila melanogaster는 "dme_"입니다.
    Example of a human ORF from NCBI RefSeq collection: hRHO[NM_000539.3]
    Example of a mouse ORF from VectorBuilder ORF collection: mRho[ORF032112]
    Example of a Drosophila melanogaster ORF from NCBI RefSeq collection: dme_w[NM_057439.2]
    Example of E. coli ORF from NCBI: eco_nhaA[944758]
  • 사용자가 붙여넣은 서열: 사용자는 벡터에 서열을 추가하려면 붙여넣은 서열의 이름을 정의해야 합니다. 사용자가 정의한 이름은 괄호 안에 표시됩니다. 사용자가 붙여넣은 서열이 VectorBuilder 데이터베이스의 구성 요소와 서열이 100% 동일한 경우는, VectorBuilder 구성 요소의 공식 이름으로 자동 설정된다는 점에 유의하십시오.
    Example of a user pasted component: {MyGene}

  • 사용자가 편집한 VectorBuilder 데이터베이스의 ORF: 사용자가 VectorBuilder의 ORF 데이터베이스에서 검색한 ORF를 편집하여 mutation을 도입하면, 공식 ORF 이름 옆에 *가 자동으로 추가되어 ORF 서열이 mutation되었음을 나타냅니다. 그런 다음 사용자는 이 이름을 사용하거나 다른 이름으로 변경할 수 있습니다. 사용자가 이름을 변경하기로 선택한 경우, 괄호가 추가되어 사용자가 이름을 정의했음을 표시합니다. Add Tag 기능으로 ORF에 추가된 epitope tags는 mutation으로 간주되지 않습니다.
    Example of an ORF from VectorBuilder’s database that is edited by user: hRHO[NM_000539.3]* for automatically assigned name, which can be changed by the user to another name such as {MyGene}

사용자가 자동 부여된 이름을 변경할 수 있는 규칙

일관성을 유지하기 위해, 사용자는 대부분의 상황에서 자동 부여된 컴포넌트 이름을 변경할 수 없습니다. 그러나 다만 다음과 같은 몇 가지 예외가 있습니다.

  • 사용자가 컴포넌트의 서열을 붙여넣을 경우 사용자는 컴포넌트의 이름을 지정해야 합니다. 괄호는 사용자가 이름을 정의했음을 나타내기 위해 추가됩니다.
  • 사용자가 VectorBuilder의 ORF 데이터베이스에서 검색한 ORF를 편집하여 mutation을 도입하면 공식 ORF 이름 옆에 *가 자동으로 추가됩니다. 사용자는 이 이름을 사용하거나 다른 이름으로 변경할 수 있습니다. 사용자가 이름을 변경하기로 선택한 경우 괄호가 추가되어 사용자가 이름을 정의했음을 표시합니다.

벡터 이름 부여 규칙

  • 모든 벡터 이름은 문자 "p"로 시작합니다.
  • 벡터 backbone의 약어는 문자 "p" 다음에 주어집니다. 다음은 일반적으로 사용되는 backbone의 예:
    RP: Regular plasmid
    LV: Lentivirus
    MMLV: MMLV retrovirus
    AV: Adenovirus
    AAV: Adeno-associated virus
    PB: PiggyBac transposon
    Tol2: Tol2 transposon
    ET, BAD or CS: Various bacterial expression vectors
    SC: Saccharomyces cerevisiae
    BV: Baculovirus
  • 생물학적 응용에 대한 약어는 벡터 backbone 약어 다음에 괄호로 주어집니다. 다음은 일반적인 생물학적 응용의 예들입니다:
    Exp: A vector for expressing a gene of interest
    shRNA: A vector for expressing shRNA for use in knockdown
    gRNA: A vector for expressing gRNA for use in the CRISPR system
    En: A vector for testing enhancer activity

벡터 이름을 assemble 하는 규칙

벡터 이름: pLV[Exp]-Hygro-CMV>FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA

해석:

LV: Vector backbone is lentivirus.

Exp: Biological application is mammalian gene expression.

Hygro: Marker gene is hygromycin B resistance gene.

CMV: Promoter for driving the gene of interest is CMV.

FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA: 관심 유전자는 복수의 ORF를 포함하는 polycistron입니다. 첫번째 ORF는 hRHO[NM_000539.3]로, 서열은 사용자가 수정하였고 (*로 표시), N 말단에 FLAG, C 말단에 10xHis로 tag가 지정되었습니다. IRES 다음에 두번째 ORF는 N 말단에 3xNLS, C 말단에 HA로 tag가 지정된 EGFP입니다.

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