Pooled shRNA Libraries

VectorBuilder는 인간 및 마우스 유전자를 타겟팅으로 하는 고품질의 premade pooled shRNA library를 제공한다. 이러한 RNAi library는 질병 경로, 약물 치료에 대한 세포 반응, 발달 과정, 유전자 조절 등에 관련된 유전자에 대한 대규모 loss-of-function 스크리닝을 수행하기 위한 강력하고 가성비 높은 도구이다. 또한 타겟 유전자 리스트를 기반으로 하는custom pooled shRNA library를 설계 및 제작할 수 있다. 

Types of pooled shRNA libraries offered
  • Ready-to-use, pooled, lentivirus libraries targeting human genes at two scales: Elite Gene (~2,000 most frequently cited genes on PubMed Central) and Whole Genome (~19,000 RefSeq genes)
  • Ready-to-use, pooled, lentivirus libraries targeting mouse genes at two scales: Elite Gene (~2,000 most frequently cited genes on PubMed Central) and Whole Genome (~19,000 RefSeq genes)
  • Custom pooled shRNA libraries (available as E.coli stock, DNA or recombinant virus)

Ordering Information

Price and turnaround
Product Name No. of genes No. of shRNAs Scale Catalog No. Price (USD) Turnaround
Human Elite Gene Pooled shRNA Library 2,161 12,471

Medium

(>1.0x108 TU/ml, 1 ml)

LVM(Lib190505-1037bjk) $4,999
$2,499
10-20 days
Mouse Elite Gene Pooled shRNA Library 2,233 12,472

Medium

(>1.0x108 TU/ml, 1 ml)

LVM(Lib190505-1039sgb) $4,999
$2,499
Human Whole Genome Pooled shRNA Library 18,432 92,917

Medium

(>1.0x108 TU/ml, 1 ml)

LVM(Lib190505-1038ngq) $4,999
$2,499

Plus

(>1.0x108 TU/ml, 5 ml)

LV5M(Lib190505-1038ngq) $14,999
$7,499
Mouse Whole Genome Pooled shRNA Library 19,790 92,917

Medium

(>1.0x108 TU/ml, 1 ml)

LVM(Lib190505-1042tfx) $4,999
$2,499

Plus

(>1.0x108 TU/ml, 5 ml)

LV5M(Lib190505-1042tfx) $14,999
$7,499

Click to view our custom library construction services if our premade shRNA libraries don’t meet your needs 

Deconvolution service
shRNA library 스크리닝을 수행한 후 NGS에 의한 shRNA hits을 확인하는 방법을 모르시나요? 고객의 genomic DNA를 VectorBuilder로 발송하면 NGS library를 준비하고, high-throughput sequencing을 수행하고, 데이터를 분석하여, 단 몇 주 만에 각 샘플에서shRNA의 정확한 카운트를 제공한다.
Deconvolution 서비스의 경우 디자인 의뢰하기로 문의사항을 보내주세요.

Technical Information

Product highlights View more

Genome-wide targeting and high complexity

인간과 마우스에 대해 두가지 스케일의 shRNA library를 제공한다: Whole Genome (~19,000 RefSeq genes) 및 Elite Gene (~2,000 most frequently cited genes on PubMed Central). 평균적으로 모든 유전자는 RNAi consortium (TRC)의 가이드라인에 따라 일련의 규칙을 기반으로 계산된 우수한 knockdown scores 스코어를 가진 5-6개의 서로 다른 shRNA에 의해 타겟팅된다. 이를 통해 보다 안정적인 knockdown 및 보다 효과적인 스크리닝이 가능하다. 자세한 타겟 유전자 및 shRNA의 상세 리스트는 “Technical documents”에서 확인할 수 있다.

High uniformity

Pooled plasmid library는 NGS에 의해 검증되었으며, 이는 Elite Gene library에서 shRNA의 100%와 Whole Genome library에서 > 97%의 shRNA를 성공적으로 검출하였다. 또한 shRNA representation은 plasmid library에서 매우 균일하다 (Figure 1).

Figure 1. Representation of shRNAs in different pooled plasmid libraries. shRNA read counts are normalized by NGS library size (10 million reads) and plotted in log2 scale.

Well-established lentiviral vector and high titer lentivirus that is ready to use

Pooled plasmid library는 인간 U6 promoter에 의해 구동되는 3세대 lentivirus 벡터 시스템에서 발현되며, 이는 다양한 세포에서 타겟 유전자의 발현을 안정적으로 knockdown시키는 고효율 시스템이다. 이 lentivirus 벡터 시스템은 shRNA를 세포에 영구적이고 효율적이며 균일하게 도입할 수 있기 때문에 in vitro 유전자 스크리닝에 이상적이다. 모든 pooled shRNA library는 고기능 titer (>10^8 TU/ml)의 바로 사용 가능한 lentivirus로 제공되어 바이러스 패키징 및 titer 측정 시간을 절약한다. 3세대 lentivirus 벡터 시스템은 자가복제 성질이 부족한 것을 고려할 때 향상된 생물학적 안전성을 위해 최적화되었다.

Figure 2. Map of mammalian shRNA knockdown lentiviral vector.

Click to view fully annotated map and sequence of the shRNA library vector 

Click to read more about lentiviral shRNA knockdown vector 

Dual-marker for efficient and versatile selection or tracking of positively transduced cells

EGFP 및 puromycin resistance gene (Puro)의 이중 마커 발현 카세트가 lentivirus 벡터에서 발현되어 puromycin 및 녹색 형광에 의한 시각적 추적을 통해 양성으로 transduction된 세포를 선택할 수 있다.

Figure 3. EGFP expression in 293T cells transduced with Human Elite Gene Pooled shRNA Library (MOI=10) after 4 days of puromycin selection (1.5 ug/ml). Magnification: 200x. Left: bright field. Right: EGFP.

Workflow of pooled shRNA library-mediated genetic screens View more

Pooled shRNA lentivirus library에 의해 매개되는 유전자 스크리닝의 기존 워크플로우는 아래 Figure 4에 나와 있다. 먼저 관심있는 세포는 shRNA lentivirus library로 transduction되고 양성 transduction된 세포는 lentivirus 게놈에 전달된 마커 유전자에 의해 선별된다(예: drug-selection 또는 형광 마커). 다음으로, 양성 transduction된 세포는 기준 집단과 실험 집단으로 분할된다. 그런 다음 실험 집단에 특정 선택 압력 (예: 약물 처리 또는 반복 계대)을 적용하여 관심있는 표현형을 가진 세포를 확인한다. 스크리닝 전략에는 세가지 주요 유형이 있다. 1) 선택적 압력에 노출되었을 때 생존 세포에서 농축되거나 고갈된 shRNA를 검색하는 생존성 스크리닝; 2) 높거나 낮은 리포터 발현과 관련된 세포에서 농축된 shRNA를 검색하는 리포터 스크리닝 (예 : 리포터 유전자 발현을 조절하는 전사 인자를 타겟팅 하는 shRNA); 3) 일반적으로 cell invasion, migration 등과 관련된 유전자에 영향을 미치는 shRNA를 확인하는 행동 스크리닝. 스크리닝 후 실험 및 기준 세포를 채취하고, Sanger sequencing 또는 NGS를 사용하여 기준 그룹과 비교하여 실험 그룹의 농축 또는 고갈 shRNA를 확인한다. 농축되거나 고갈된 shRNA에 의해 잠재적으로 타겟팅된 후보 유전자는 downstream 기능 연구에 의해 추가로 조사될 수 있다.

Figure 4. Workflow of loss-of-function screens mediated by pooled shRNA lentivirus libraries. Adapted from Acta Biochim Biophys Sin 44:103-112 (2012).

FAQ

What are the advantages of pooled RNAi screen compared to array-based RNAi screen?

Pooled RNAi screen has a number of advantages compared to array-based RNAi screen, which are listed in the table below:

Array-based Screen Pooled RNAi Screen
How are shRNAs introduced into cells of interest? Individual shRNAs are applied to cells grown in different wells across multi-well plates (e.g. 96-well or 384-well). Hundreds and thousands of different shRNAs are applied to the cell population simultaneously.
How to identify shRNAs associated with phenotypes of interest? Wells showing phenotypes of interest are selected by examining phenotypes well-by-well. The identity of the shRNAs applied to individual wells are already known. Cells with phenotypes of interest are selected from the population. shRNAs enriched/depleted in cells of interest are identified by sequencing.
Can genetic interactions be detected? No (if a single shRNA is added to each well), or limited (if more than one shRNAs are added to each well). Yes (cells may carry multiple randomly combined shRNAs).
Technical variation High Low
Cost of labor and reagents High Low
Requirement of special equipment High (e.g. liquid handler, high-throughput imaging, etc.) Low (conventional benchtop equipment)
How is shRNA knockdown score calculated?

VectorBuilder applies rules similar to that used by the RNAi consortium (TRC) to design and score shRNAs. For each given RefSeq transcript, we search for all possible 21mers that are considered as candidate target sites. Candidates are excluded if they contain features thought to reduce knockdown efficiency/specificity or cloneability, including a run of ≥4 of the same base, a run of ≥7 G or C, GC content <25% or >60%, and AA at the 5’ end. Knockdown scores are penalized for candidates that contain internal stem-loop, high GC content toward the 3’ end, known miRNA seed sequences, or off-target matches to other genes. For genes with alternative transcripts, target sites that exist in all transcripts are given higher scores.

All scores are ≥0, with mean at ~5, standard deviation at ~5, and 95% of scores ≤15. An shRNA with a knockdown score about 15 is considered to have the best knockdown performance and cloneability, while an shRNA with a knockdown score of 0 has the worst knockdown performance or is hard to be cloned.

Please note that knockdown scores are only a rough guide. Actual knockdown efficiency could depart significantly from what the scores predict. Target sites with low scores may still work well. Also, please note that targeting 3’ UTR can be as effective as targeting coding region.