벡터 클로닝 (Vector Cloning)
커스텀 벡터 클로닝 서비스 분야의 글로벌 리딩 공급사인 VectorBuilder는 고객의 연구 요구사항을 충족하는 커스텀 DNA 벡터를 제작할 수 있습니다. VectorBuilder의 플랫폼은 in vitro 및 in vivo (해당되는 경우) 테스트를 통해 검증된 약 200개의 최적화된 벡터 시스템을 제공합니다. VectorBuilder에 클로닝 프로젝트를 아웃소싱하는 것은 재료비 및 인건비 측면에서 직접 클로닝하는 것 보다 비용 효율적일 수 있으며, 클로닝과 관련된 시간, 노력 등을 절약할 수 있는 이점이 있습니다.
벡터 클로닝 외에도 plasmid DNA 정제, 바이러스 패키징, library 제작, stable cell line 엔지니어링 및 치료용 IVT RNA 합성을 포함한 여러 관련 서비스를 제공합니다.
중점 사항
기능적으로 검증된 벡터 백본 및 구성요소의 방대한 인벤토리를 활용하여 커스텀 벡터를 쉽고 빠르게 디자인할 수 있는 직관적인 무료 플랫폼
모듈식 "레고”와 같은 생산 워크플로우를 통해 커스텀 벡터의 병렬 클로닝을 효율적이고 안정적으로 가능하게 하여 95% 이상의 프로젝트를 기한 내에 완료
복잡하고 어려운 벡터 클로닝에 대한 광범위한 경험 보유
커스텀 벡터에 대한 IP의 소유권 및 무료 벡터 보관
실험에 바로 사용할 수 있는 벡터를 랩으로 보내 드립니다.
Order Now!서비스 정보
커스텀 클로닝 서비스의 개요 및 워크플로우
*가격은 아웃소싱 유형, 벡터 백본, 클로닝 유형에 따라 달라집니다.
가격 및 소요시간 Price Match
벡터 구성요소의 80% 이상을 VectorBuilder 내부 컬렉션에서 직접 공급할 수 있고 (과거 생산 데이터 기반), de novo 합성을 통해 새롭게 제작하거나 또는 고객이 제공한 시료 (벡터 백본 또는 유전자 템플릿)를 이용해 벡터를 제작할 수도 있습니다. VectorBuilder의 커스텀 벡터 클로닝 워크플로우에는 고객이 제공한 시료의 QC (해당되는 경우), 벡터 구성요소 및 벡터 백본의 공급, 실제 벡터 클로닝 및 최종 벡터 QC가 포함됩니다. VectorBuilder의 커스텀 클로닝 서비스에 대한 가격과 소요시간에 대한 간략한 개요는 Table 1과 2에 나와 있습니다.
Table 1. Simple vector cloning*
| Vector Type | Price (USD) | Turnaround |
|---|---|---|
| shRNA vector | $149 | 4-7 days |
| gRNA vector (single-gRNA) | $149 | 4-7 days |
| gRNA vector (dual-gRNA) | $329 | 6-12 days |
| Expression vector | $139 | 3-6 days |
Table 2. De novo synthesis
| Fragment Length | Price (USD)** | Turnaround |
|---|---|---|
| <1.5 kb | $0.12/bp | 5-10 days |
| 1.5-3 kb | $0.14/bp | 10-15 days |
| 3-5 kb | $0.17/bp | 10-20 days |
| 5-8 kb | $0.21/bp |
*Simple vector는 VectorBuilder의 인기있는 재고 백본 및 구성요소를 사용하여 1-step 클로닝으로 제작할 수 있는 벡터를 말합니다.
**다음의 경우 de novo 유전자 합성 비용이 더 높을 수 있습니다. 1) 단편에 높은 GC 함량, 단순 반복 또는 세그먼트 반복과 같이 합성하기 어려운 영역이 포함된 경우, 2) 3개 미만의 DNA 단편을 합성하는 경우.
기술적인 정보
품질 관리 (QC)
VectorBuilder에서 클로닝한 모든 벡터는 100% 서열을 보증합니다. 아래 table에는 커스텀 벡터 클로닝을 위한 QC 항목입니다.
| Raw Material | ||
|---|---|---|
| Vector backbone | Vector components | |
| VectorBuilder's in-stock material |
|
|
| Customer-supplied |
|
|
| De novo synthesized | - |
|
| Final Vector | ||
|
||
고객 제공 시료
벡터 백본이나 유전자 템플릿과 같은 고객 제공 시료가 필요한 경우 "서포트" > "시료 제출"에서 시료 정보를 제출해 주시기 바랍니다. 시료의 지연이나 손상을 방지하기 위해 가이드라인을 엄격히 따라 주시기 바랍니다. 모든 고객 제공 시료는 VectorBuilder의 필수 QC를 거치며, 시료의 유형과 용도에 따라 품목당 $100부터 시작하는 추가 QC 비용이 발생합니다. 고객 제공 시료가 QC를 통과하기 전까지는 생산을 시작할 수 없습니다.
정보 자료
FAQ
VectorBuilder에서는 다양한 분자생물학 기술을 결합하여 고객 요구사항에 따라 커스텀 벡터를 제작합니다. 발현 벡터는 일반적으로 Gateway 클로닝 또는 Gibson assembly를 사용하여 제작되는 반면, shRNA 및 gRNA 벡터는 ligation 기반 방법을 사용하여 클로닝하여, 최적화된 대용량 클로닝 플랫폼을 활용하여 가장 낮은 가격과 가장 빠른 소요시간으로 원하는 벡터를 제작하여 제공합니다. 또한 필요에 따라 프로젝트별로 de novo 유전자 합성 및 Golden Gate 클로닝을 포함한 다양한 방법을 사용합니다.
VectorBuilder의 모든 벡터는 VectorBuilder의 독자적인 호스트 균주 VB UltraStable™을 사용하여 클로닝하며, 높은 형질전환 효율 (>1x109 cfu/ug)을 달성하고 반복 시퀀스와 같은 불안정한 요소가 있는 plasmid를 증식하도록 설계 되었습니다. 따라서 VectorBuilder에서 얻은 plasmid를 증식하기 위해 VB UltraStable™ chemically competent cells을 사용하는 것을 추천합니다. 그러나 이들 벡터는 DH5α 및 Stbl3와 같은 일반적으로 사용되는 다른 박테리아 호스트 균주와 호환되며 증식될 수 있습니다.
Plasmid의 replication origin이 low-copy replication의 경우
박테리아 세포당 plasmid copy 수는 plasmid의 replication origin에 의하여 결정됩니다. 일부 origin들은 고유의 copy 수가 낮습니다. Plasmid의 replication origin의 copy 수를 확인해 보시기 바랍니다. Low-copy plasmid의 경우에 원하는 DNA 수율을 얻기 위해 plasmid DNA 정제를 위한 E. coli 배양량을 늘리시기 바랍니다.
Check the copy number of the origin of replication of plasmids supplied by VectorBuilder
박테리아 배양액의 양이 plasmid 정제 컬럼에 비해 너무 적은 경우
Plasmid 정제 column의 binding capacity를 확인하고, plasmid가 high--copy plasmid인지 low-copy plasmid인지 확인하시기 바랍니다. Mini prep의 경우에 overnight으로 배양한 1-5 ml의 박테리아 배양액을 사용하기를 권장합니다. Maxi prep의 경우 plasmid가 high-copy이면 100-150 ml, plasmid가 low-copy이면 300-500 ml의 overnight 배양한 박테리아 배양액을 사용하는 것을 권장합니다. 일반적으로 high-copy plasmid의 경우에는 mini prep으로 1 ml 당 ~ 5 ug 정도의 plasmid를 추출할 수 있으며, 150 ml 에서는 ~ 500 ug 정도의 plasmid DNA를 추출할 수 있습니다. Low-copy plasmid (예, pET)의 경우, mini prep으로 배양액 1 ml 당 1.5 ~ 2.5 ug 의 plasmid DNA를 추출할 수 있으며, 배양액 150 ml에서는 150 ~ 200 ug의 plasmid DNA를 얻을 수 있습니다.
액체 배양액에서 박테리아 중 일부 분획에서만 plasmid가 포함된 경우
일부 항생제, 특히 ampicillin은 액체 배양에서 빠르게 분해됩니다. 그 결과, plasmid를 포함하지 않는 박테리아가 배양액의 상당 부분으로 증식하여 plasmid 정제의 수율이 낮아질 수 있습니다. 이를 방지하려면 사용하기 전에 ampicillin이 포함된 성장 배지를 신선하게 준비하고 충분한 ampicillin이 공급되었는지 확인하시기 바랍니다. 또한 ampicillin-resistant 박테리아를 배양할 때는 회수하기 전에 액체 배양액을 너무 오랫동안 포화상태로 두지 마십시오. 배양액에 항생제가 부족한 것 외에도, 매우 오래된 배양액에서 plasmid DNA를 추출하면 많은 박테리아 세포가 죽고, 포함된 plasmid DNA가 분해되어 수율이 낮아질 수 있습니다. 따라서 신선한 배양액에서 plasmid DNA를 추출해 보시기 바랍니다. Plasmid 정제를 즉시 수행할 수 없는 경우 박테리아를 스핀다운하고, pellet을 -80°C 냉동고에 보관하여 나중에 plasmid 정제를 할 수 있습니다.
E. coli stab culture에서 액체 배양에 직접 접종한 경우
VectorBuilder에서 받은 E. coli liquid stock 또는 stab culture에서 액체 배양을 직접 접종하면 수율이 낮아질 수 있습니다. 먼저 적절한 항생제가 들어 있는 LB agar plate에 스톡을 streaking한 다음 해당 플레이트에서 자란 신선한 콜로니로 액체 배양에 접종하는 것이 좋습니다. 메뉴 항목 정보자료 > 문서 자료 > 사용 설명서 > E. coli and Plasmid를 참조하시기 바랍니다.
Plasmid prep kit의 매뉴얼을 주의 깊게 따르지 않은 경우
Plasmid prep kit를 사용하는 경우 사용하기 전에 매뉴얼을 주의 깊게 읽으십시오. 부적절한 조작으로 인해 키트 성능이 저하될 수 있습니다.
Mini/maxi prep 컬럼의 품질이 낮은 경우
일부 브랜드의 plasmid DNA prep 컬럼은 DNA 정제에 성능이 좋지 않거나 일관성이 없습니다.
QC 분석에서 synonymous mutation이 발견되면 클로닝을 진행하기 위한 승인을 위해 연락을 드릴 것이고, 이 돌연변이는 실험 결과에 영향을 미칠 가능성이 낮습니다. 그러나 non-synonymous mutation이 발견되면 클로닝 및 다운스트림 서비스를 시작하기 전에 수정을 위한 최선의 조치에 대해 논의할 것입니다.
문서 자료
사용 설명서 브로셔 & 리플렛 물질안전보건자료 (MSDS) 시험 성적서 (COA)주요 인용 논문
Large language models generate functional protein sequences across diverse families
Ali Madani, et al.
Nature Biotechnology, 2023, doi: 10.1038/s41587-022-01618-2
Products used:
Abstract: Generating artificial protein sequences using artificial intelligence could enable breakthrough solutions for biomedical and environmental challenges. Viewing amino acid sequences as a language, we demonstrate that a deep learning-based language model can generate functional artificial protein sequences across large protein families, akin to generating grammatically and semantically correct natural language sentences on diverse topics. Our protein language model is trained by simply learning to predict the next amino acid for over 280 million protein sequences from thousands of protein families, without explicit biophysical modeling. We experimentally evaluate model-generated artificial proteins fine-tuned to five distinct antibacterial lysozyme families. Artificial proteins show similar activities and catalytic efficiencies as representative natural lysozymes, including hen egg white lysozyme, while maintaining activity with as low as 31.4% identity to any known naturally-evolved protein. The X-ray crystal structure of an enzymatically active artificial protein recapitulates the conserved fold and positioning of active site residues found in natural proteins. We show our language model’s ability to be adapted to different protein families by accurately predicting the functionality of artificial chorismate mutase and malate dehydrogenase proteins. These results indicate that neural language models successfully perform artificial protein generation across protein families and may prove to be a tool to shortcut evolution.
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Surficial nano-deposition locoregionally yielding bactericidal super CAR-macrophages expedites periprosthetic osseointegration
Ziyang Li, et al.
Science Advances, 2023, doi: 10.1126/sciadv.adg3365
Products used:
Abstract: Tracking and eradicating Staphylococcus aureus in the periprosthetic microenvironment are critical for preventing periprosthetic joint infection (PJI), yet effective strategies remain elusive. Here, we report an implant nanoparticle coating that locoregionally yields bactericidal super chimeric antigen receptor macrophages (CAR-MΦs) to prevent PJI. We demonstrate that the plasmid-laden nanoparticle from the coating can introduce S. aureus-targeted CAR genes and caspase-11 short hairpin RNA (CASP11 shRNA) into macrophage nuclei to generate super CAR-MΦs in mouse models. CASP11 shRNA allowed mitochondria to be recruited around phagosomes containing phagocytosed bacteria to deliver mitochondria-generated bactericidal reactive oxygen species. These super CAR-MΦs targeted and eradicated S. aureus and conferred robust bactericidal immunologic activity at the bone-implant interface. Furthermore, the coating biodegradability precisely matched the bone regeneration process, achieving satisfactory osteogenesis. Overall, our work establishes a locoregional treatment strategy for priming macrophage-specific bactericidal immunity with broad application in patients suffering from multidrug-resistant bacterial infection.
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Epicardioid single-cell genomics uncovers principles of human epicardium biology in heart development and disease
Anna B Meier, et al.
Nature Biotechnology, 2023, doi: 10.1038/s41587-023-01718-7
Products used:
Abstract:The epicardium, the mesothelial envelope of the vertebrate heart, is the source of multiple cardiac cell lineages during embryonic development and provides signals that are essential to myocardial growth and repair. Here we generate self-organizing human pluripotent stem cell-derived epicardioids that display retinoic acid-dependent morphological, molecular and functional patterning of the epicardium and myocardium typical of the left ventricular wall. By combining lineage tracing, single-cell transcriptomics and chromatin accessibility profiling, we describe the specification and differentiation process of different cell lineages in epicardioids and draw comparisons to human fetal development at the transcriptional and morphological levels. We then use epicardioids to investigate the functional cross-talk between cardiac cell types, gaining new insights into the role of IGF2/IGF1R and NRP2 signaling in human cardiogenesis. Finally, we show that epicardioids mimic the multicellular pathogenesis of congenital or stress-induced hypertrophy and fibrotic remodeling. As such, epicardioids offer a unique testing ground of epicardial activity in heart development, disease and regeneration.
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