온라인 벡터 디자인

VectorBuilder는 정교하면서도 직관적인 벡터 디자인 툴과 간결한 온라인 주문을 결합한 매우 혁신적인 웹 기반 플랫폼을 제공합니다. VectorBuilder 계정의 소유 여부와 상관없이 몇 번의 마우스 클릭만으로 다양한 맞춤형 벡터를 디자인할 수 있는 온라인 벡터 디자인 플랫폼을 무료로 무제한 사용하실 수 있습니다. 벡터 디자인 이외에도 당사 플랫폼을 통하여 바이러스 패키징 및 plasmid DNA 정제와 같은 관련 서비스와 함께 고객이 디자인한 벡터의 맞춤형 클로닝을 주문할 수 있습니다.

중점 사항
  • 일반 plasmid, 렌티바이러스, AAV, 아데노바이러스, MMLV, piggyBac 등을 포함한 다양한 벡터 backbone 컬렉션
  • Promoter, ORF, marker, epitope tags, shRNA 등을 포함한 광범위한 벡터 구성 요소의 데이터베이스
  • 벡터 구성 요소의 풍부한 주석이 포함된 상세한 벡터 map
  • 벡터 시스템 및 벡터 컴포넌트에 대한 풍부하고 포괄적인 정보 자료
  • 벡터 디자인 및 분석을 지원하는 무료 생물정보 분석 툴
  • 간편한 사용자 계정 관리
서비스 세부 사항
주문 절차
자주 묻는 질문

서비스 세부 사항

Vectorbuilder의 사용자 친화적인 온라인 벡터 디자인 플랫폼에서 맞춤형 벡터를 디자인하는 일은 매우 쉬우며 아래와 같은 여러 가지 이점을 제공합니다.

제공되는 벡터 시스템

VectorBuilder 홈페이지에서 고객 맞춤형 벡터 디자인을 클릭하여 고객 자신의 벡터 디자인을 시작할 수 있으며, 약 200개의 시스템 중에서 실험에 적합한 적절한 벡터 시스템을 선택할 수 있습니다.

  • 벡터 backbone – 다음의 벡터들을 포함한 광범위한 벡터 backbone을 제공합니다.

    • 일반 plasmid: transfection에 의한 유전자 전달을 위해서 사용
    • 바이러스 벡터들 (렌티바이러스, AAV, 아데노바이러스, 레트로바이러스 등): 바이러스 transduction에 의한 유전자 전달을 위해서 사용
    • Transposon 기반의 벡터들 (piggyBac, Tol2, sleeping beauty 등): transposon에 의한 유전자 전달에 사용
  • 응용 분야 – VectorBuilder의 풍부한 벡터 컬렉션에는 다음과 같은 다양한 응용 분야를 위한 벡터가 포함되어 있습니다.

    • 유전자 발현 (constant, inducible, conditional)
    • shRNA에 의한 유전자 발현 억제
    • CRISPR 기반의 유전자 편집 및 조절
    • 재조합 단백질 발현
    • In vitro transcription
    • Enhancer/promoter 테스트
    • Non-coding RNA 발현
  • 생물종 – 포유류, zebrafish, 초파리, 식물, 박테리아, 효모 및 곤충을 포함한 다양한 종에서 유전자를 발현할 수 있는 벡터를 제공합니다.

벡터 디자인 스튜디오

실실험에 적합한 벡터 시스템을 선택한 후 Go to Design을 클릭하여 Vector Design Studio 에서 다음과 같은 다양한 사용자가 맞춤형 옵션으로 벡터를 디자인할 수 있습니다.

1)  벡터 구성 요소 추가 (promoter, ORF, marker, linker, 등)View more

벡터 구성 요소를 추가하는 방법에는 자주 이용되는 벡터 구성 요소 컬렉션에서 선택하기, 관심 유전자 (GOI)로 검색하기, 또는 서열을 직접 붙여넣기 세가지의 방법이 있습니다. GOI로 검색할 때에는 무제한으로 이용할 수 있는 ORF, shRNA 및 gRNA 데이터베이스를 이용함으로써 원하는 서열을 빠르게 선택하여 벡터에 삽입할 수 있습니다.

2)  여러 개의 유전자를 polycistron으로 발현View more

벡터 디자인 스튜디오에서는 promoter 뒤에 최대 4개까지의 ORF를 polycistron으로 배치할 수 있습니다. 이러한 다중 ORF는 하나의 융합단백질로 발현되거나 2A 또는 IRES linker로 분리되어 각각의 단백질로 발현될 수 있습니다.

3)  ORF 서열 편집View more

벡터에 ORF를 추가한 후 ORF editor를 열어 epitope tag를 추가하거나 서열에 돌연변이를 도입할 수 있습니다. ORF의 N 또는 C 말단에 추가할 수 있는 여러 가지의 많이 이용되는 단백질 tag들이 제공됩니다. 그밖에 codon 최적화, 염기 서열을 아미노산 서열로 번역하기, ORF 찾기 및 상보적인 염기 서열 보기를 포함한 여러 편리한 기능들이 제공됩니다.

벡터 정보 개요

벡터 디자인을 마치면  Vector Information 페이지로 이동됩니다. 여기에서 다음과 같은 일들을 할 수 있습니다.

  • 주석이 달린 벡터 map과 서열 보기
  • PDF, GenBank, FASTA 및 SnapGene을 포함한 다양한 형식의 벡터 리포트 다운로드
  • 벡터의 가격 및 소요시간을 확인하거나 벡터에 대한 가격문의
  • 바이러스 패키징과 같은 downstream 서비스와 함께 벡터를 장바구니에 추가
  • 벡터 디자인을 계정에 저장
  • 동료에게 벡터 디자인 공유
디자인한 벡터 찾아보기

VectorBuilder에서 생성된 벡터에는 고유한 벡터 ID가 자동으로 부여됩니다 (자세한 내용은 아래에 있는 자주 묻는 질문들 섹션에서 벡터 ID는 어떻게 부여되는가? 부분을 참조하시기 바랍니다). 로그인하지 않은 상태에서도 이 ID를 사용하여 벡터 디자인 메뉴의 벡터 정보 찾아보기를 통해 벡터에 대한 전체 정보를 검색할 수 있습니다.

디자인 의뢰하기

벡터 디자인 스튜디오에서 벡터를 디자인하는데 어려움이 있는 경우 (예를 들어 VectorBuilder에 없는 백본을 사용해야 하는 경우), VectorBuilder 홈페이지의 디자인 의뢰하기를 클릭하여 원하는 벡터에 대한 요청사항을 제출해주시면 됩니다. 당사의 숙련된 과학자들이 무료로 귀하의 벡터를 디자인한 후에 가격 및 소요시간 정보와 함께 벡터 디자인을 보내 드립니다.

유전자로 인기 벡터 검색하기

자신의 벡터를 디자인하거나 디자인 의뢰를 보내는 것 외에도 VectorBuilder 홈페이지에서 유전자로 인기 벡터 검색하기를 클릭하여 GOI와 함께 많이 사용되는 벡터 디자인을 검색할 수도 있습니다. 이 옵션을 사용하여 유전자를 검색하면 VectorBuilder의 표준 backbone을 사용하는 유전자 발현, shRNA 기반의 유전자 발현 억제 및 CRISPR 기반의 유전자 제거 등을 위한 표준 벡터 디자인 목록이 표시됩니다. 이 옵션을 사용하면 GOI를 포함하는 이미 만들어진 벡터가 당사에서 보유하고 있는 벡터들 중에 있는지도 확인할 수도 있습니다. 그런 다음 원하는 벡터를 선택하여 완전히 주석이 달린 map과 서열을 보고 필요한 경우 디자인을 추가로 수정할 수도 있습니다.

기술적인 정보

벡터의 기본 구성 요소

Promoter – promoter는 downstream에 있는 GOI의 전사를 유도하기 때문에 모든 발현 벡터의 중요한 구성 요소입니다. 벡터의 promoter 선택은 유전자의 발현을 원하는 위치와 발현 수준에 따라 달라집니다. Promoter의 종류에는 모든 세포 유형에서 유전자 발현을 유도하는 ubiquitous promoter와 특정 세포 유형에서만 유전자 발현을 유도하는 tissue-specific promoter가 있습니다. 또한 유전자 발현 수준에 따라 다양한 강도 (약함, 중간, 또는 강함)를 가진 promoter로 분류될 수 있습니다.

ORF – ORF는 최종적으로 기능을 가진 단백질로 번역되는 유전자의 open reading frame을 의미합니다. ORF는 유전자의 발현에 필수적이며 promoter의 downstream에 위치합니다. 여러 단백질을 동시에 발현해야 하는 경우, 각각의 단백질에 해당하는 ORF들을 linker로 분리하여 동일한 promoter 아래에 배치하여 polycistron으로 발현할 수 있습니다.

polyA signal – polyA 염기 서열은 polyadenylation signal sequence를 의미하며 ORF 서열에서 생성된 전사체 (mRNA transcript) 의 전사 종료 및 polyadenylation이 일어나도록 합니다. 벡터에 polyA signal을 포함하면 mRNA가 polyadenylation 되도록 하여, mRNA가 nuclease 및 phosphatase에 의해 분해되는 것을 방지합니다. 또한, polyadenylation은 mRNA가 세포핵에서 세포질로의 이동하여 ribosome에 의해 단백질로 번역될 때 필수적인 역할을 합니다.

Selection marker – selection marker는 벡터가 transfection 또는 transduction된 세포를 실험자가 잘 식별할 수 있도록 해줍니다. 일반적으로 drug-selection marker와 fluorescent protein marker 두가지 유형의 marker가 벡터가 transfection/transduction된 포유류 세포를 선별하는 데 사용됩니다. Drug-selection marker는 벡터가 들어간 세포에 각 항생제에 대한 내성을 부여합니다. 반면에 벡터가 들어 있지 않은 세포는 항생제에 내성이 없으므로 항생제 존재하에 생존할 수 없습니다. Fluorescent marker를 사용하면 연구자들은 벡터가 들어 있는 transfection/transduction된 세포를 형광 현미경을 통하여 시각적으로 선별하거나, FACS (Fluorescence Activated Cell Sorting)를 통해 선별할 수 있습니다.

Origin of replication – origin of replication은 박테리아 숙주 세포 내에서 plasmid 벡터 복제에 필수적입니다. origin of replication의 선택은 일반적으로 숙주 세포 내에서 유지되어야 하는 벡터의 copy 수에 따라 달라지며, 이에 따른 벡터의 안정성에도 영향을 줍니다. 높은 copy 수의 plasmid는 정제 시에 더 높은 DNA 수율을 얻는데 유리하지만, 낮은 copy 수의 plasmid는 박테리아 숙주에 대한 독성이 있거나 불용성인 단백질을 발현하는 경우에 더 선호됩니다. 또한, 동일한 박테리아 세포 내에서 하나 이상의 plasmid를 유지해야 할 때 두 plasmid가 동일한 origin of replication을 가지지 않는 것이 중요합니다. 그 이유는 두 plasmid가 호환되지 않아서 복제되는 것을 저해할 수 있기 때문입니다.

Antibiotic resistance gene – 항생제 내성 유전자는 벡터가 들어 있는 박테리아 세포를 선택할 수 있게 하여 박테리아 배양을 할 때 벡터의 유지를 용이하게 합니다. 벡터를 운반하지 않는 세포는 항생제에 대한 내성이 없으므로 항생제 존재 하에 생존할 수 없습니다.

Other components – 위에 나열된 벡터 구성 요소들은 일반적으로 대부분의 벡터 유형에서 볼 수 있지만, 구체적인 응용 분야에 따라 다양한 다른 구성 요소들이 있을 수 있습니다. 예를 들어, 렌티바이러스와 AAV 같은 바이러스 벡터는 타겟 세포에서 GOI의 바이러스 의존적 발현에 필수적인 long terminal repeats (LTR) 또는 inverted terminal repeats (ITR)과 같은 바이러스 서열이 각각 존재합니다. 마찬가지로, 모든 transposon 벡터에서 발견되는 terminal repeat sequence는 각각의 transposase 효소의 존재하에 GOI의 타겟 세포로의 transposon-mediated transfer에 필수적인 구성 요소입니다.

또한 벡터의 기본 기능에 필수적이지 않을 수 있지만 벡터 기능성의 다양성을 향상시킬 수 있는 구성 요소들도 존재합니다. 예를 들어, multiple cloning site (MCS)는 일반적으로 벡터에 도입되어 여러 제한효소 절단 부위를 제공함으로써 연구자가 해당 부위들 중 하나를 사용하여 GOI를 벡터에 클로닝할 수 있는 유연성을 제공합니다. T2A 및 IRES와 같은 linker는 벡터의 기능에는 필요 없을 수도 있지만, 이들이 추가되면 polycistronic expression cassette에서 처럼 동일한 벡터에서 여러 ORF를 발현하여 기능성을 향상시키는 역할을 합니다.

Figure 1. 벡터의 기본 구성 요소.

벡터 시스템 선택

성공적인 실험 설계의 중요한 요소 중 하나는 타겟 세포에 GOI를 전달하는데 사용되는 벡터 시스템을 선택하는 것입니다. 다양한 바이러스 벡터 및 여러 다른 벡터 옵션들이 사용 가능하다면, 벡터 디자인를 시작하기 전에 여러 가지 사항을 고려해야 합니다. 주로 고려해야 할 사항은 다음과 같습니다: 타겟 세포가 transfection이 쉬운가 어려운가? 단기적인 (transient) 발현을 원하는가, 아니면 숙주 염색체 내로의 안정적인 결합(integration)을 원하는가? 목적 유전자를 구동하기 위해 맞춤형 promoter를 사용해야 하는가? 벡터를 세포 배양(cell culture)에서 사용할 것인가, 아니면 in vivo에서 사용할 것인가? 조건에 따른 (conditional) 유전자 발현을 할 것인가, 아니면 inducer에 의해 유도되는 (induced) 유전자 발현을 할 것인가? GOI는 크기는 얼마인가?

아래 표에는 실험 설계에 적합한 벡터를 선택하기 위해 일반적으로 사용되는 벡터 시스템과 주요 고려 사항이 나열되어 있습니다.

일반 plasmid 벡터 바이러스 벡터 Transposon 기반의 벡터
Transfection을 사용하는가? Yes No Yes
Transient expression (단기 발현) 또는 stable integration (숙주 염색체 내로의 안정적인 결합)? Transient Stable or transient Stable
패키징이 필요한가? No Yes No
Cargo capacity (수용할 수 있는 GOI의 크기)? Large Small to medium Medium to large
주요 용도 Cell culture Cell culture & In vivo Cell culture & in vivo
맞춤형 promoter 사용 가능? Yes Depending on viral vector type Yes
일반 plasmid 벡터View more
장점

기술적인 간편성: 일반적인 plasmid 벡터는 단순한 transfection 기반의 방법에 의해서 유존자를 숙주 세포 내로 전달합니다. 전통적인 transfection 방법에 의하여 세포 내로 plasmid를 전달하는 방법은 살아 있는 바이러스를 만들기 위하여 패키징이 필요한 바이러스 벡터에 비해 기술적인 면에서 월씬 간단합니다.

큰 GOI 수용력: 당사의 plasmid 벡터들은 ~30 kb의 GOI를 넣을 수 있는 큰 수용력을 가지고 있습니다. 이는 수용력에 제한이 있는 바이러스 벡터들과는 다르게 GOI, promoter, marker 등의 다양한 벡터 구성 요소들을 추가할 수 있는 여지를 제공합니다.

단점

세포 내에서 벡터 DNA가 episomal하게 존재함: 벡터 DNA의 전통적인 transfection은 벡터가 세포 내에서 염색체에 결합하지 않고 episomal하게 존재하기 때문에 단기적인 transfection이라고도 합니다. 하지만, plasmid DNA가 매우 낮은 (세포 유형에 따라서 1/100 ~ 1/1,000,000) 빈도이긴 하지만 숙주 세포의 염색체에 영구적으로 결합하기도 합니다. Plasmid에 항생제 내성 또는 fluorescence marker가 포함되어 있는 경우, 충분한 기간 동안 배양한 후에 항생제를 사용하거나 FACS를 이용하여 plasmid DNA가 숙주 세포 염색체에 안정적으로 결합된 세포들을 선별할 수 있습니다.

제한적인 세포 유형 범위: Plasmid transfection 효율은 세포 유형에 따라 매우 큰 차이가 있습니다. 세포 분열을 하지 않는 세포가 분열을 하는 세포에 비해, 그리고 primary cell의 경우가 immortalized cell lines에 비해 transfection이 더 어려운 경우가 종종 있습니다. 특히 neuron이나 pancreatic β cell과 같은 몇몇 중요한 세포들은 transfection이 어렵기로 악명이 높습니다. 그밖에도 plasmid transfection은 대부분 in vitro 응용 분야에만 한정되며, in vivo 에서는 거의 이용되지 못하는 단점이 있습니다.

유전자 전달의 비균일성: 성공적인 transfection의 경우 세포당 plasmid 벡터의 평균적인 copy 수는 매우 높은 경우가 많지만, 균일하게 transfection이 되지 못하여 어떤 세포 내에는 많은 copy가 존재하지만 다른 세포 내에는 매우 적거나 하나도 없는 경우도 많습니다. 이는 바이러스 벡터들의 transduction이 대개 상대적으로 균일하게 벡터를 세포들로 전달하는 점과 비교됩니다.

바이러스 벡터View more
장점

Transfection이 어려운 세포들에 적합함: 바이러스 벡터는 transfection이 어려운 세포들을 위한 유전자 전달을 위해 선호되는 방법입니다. 바이러스 envelope 단백질에 의해서 부여되는 폭넓은 tropism 덕분에 대부분의 바이러스 벡터들은 넓은 범위의 포유류 세포들을 transduction할 수 있습니다. 단사의 렌티바이러스 패키징 시스템은 매우 폭넓은 tropism을 갖는 VSV-G envelope 단백질을 바이러스 표면에 부가합니다. 그 결과로 일반적으로 사용되는 모든 포유류 세포들과 몇몇 비포유류 세포들까지 transduction이 가능합니다. Trasnduction이 가능한 포유류 세포 유형은 다음과 같습니다: 세포 분열을 하는 세포 및 하지 않는 세포, primary cell 및 established cell line, 줄기 세포 및 분화된 세포, adherent cell 및 non-adherent cell. Transfection이 잘 되지 않는 neuron도 당사의 렌티바이러스 벡터에 의하여 쉽게 transduction될 수가 있습니다.

마찬가지로 당사의 AAV 벡터가 바이러스로 패키징 될 때, 다른 종류의 capsid 단백질을 사용함으로써 다른 serotype (혈청형)을 부여할 수 있습니다.  다른 serotype을 가진 바이러스는 다른 tissue tropism을 가지게 되어 감염시에 조직 특이성을 나타내게 됩니다. 당사의 AAV 벡터를 적절한 serotype으로 패키징 하는 경우 넓은 범위의 사람, 마우스, 쥐를 포함하는 포유류의 세포 및 조직에 쉽게 transduction을 할 수 있습니다.

In vitro 및 in vivo 응용 분야에 모두 적합함: in vitro 응용 분야에 주로 이용되는 plasmid와는 다르게, 바이러스 벡터는 세포 배양 뿐 아니라 살아 있는 동물에도 효율적인 transduction이 가능합니다.

유전자 전달이 상대적으로 균일함: 일반적으로 바이러스 transduction에 의하면 상대적으로 균일하게 벡터를 세포에 전달할 수 있습니다. 반면에 transfection은 매우 불균일하게 plasmid 벡터를 전달하기 때문에, 어떤 세포들은 많은 copy를 갖는 반면에 다른 세포들은 적은 copy를 갖거나 전혀 없기도 합니다..

단점

중간 이하의 GOI 수용력: 대부분의 바이러스 벡터들은 plasmid나 transposon 기반의 벡터들에 비해 GOI 수용력에 한계가 있습니다. 따라서 바이러스 벡터의 수용 한계를 초과하는 크기의 GOI를 사용하면 종종 바이러스 패키징에 안좋은 영향을 줄 수 있기 때문에 바이러스 벡터를 디자인 할 때에는 반드시 이를 고려하여야 합니다. 아래의 표에 바이러스 유형에 따른 유전체의 최대 크기를 보여 드리고 있습니다.

바이러스 유형 바이러스 유전체의 최대 크기 유전체 크기 초과에 의한 영향
AAV 4.7 kb (from 5’ ITR to 3’ ITR) 바이러스에 패키징 되는 부분이 잘려서 기능을 하지 못하게 될 수 있습니다.
아데노바이러스 38.7 kb (from 5’ ITR to 3’ ITR) 아데노바이러스 유전체가 불안정해서 패키징 과정 중에 재배열이 일어날 수 있습니다.
렌티바이러스 9.2 kb (from 5’ LTR-ΔU3 to 3’ LTR-ΔU3) Titer가 감소할 수 있습니다.
MMLV 레트로바이러스 8 kb (from MMLV 5' LTR to MMLV 3' LTR) Titer가 감소할 수 있습니다.
MSCV 레트로바이러스 8 kb (from MSCV 5' LTR to MSCV 3' LTR) Titer가 감소할 수 있습니다.

기술적으로 복잡함: 바이러스 벡터를 사용하기 위해서는 살아있는 바이러스를 패키징 세포 내에서 만든 후에 바이러스 titer를 정량해야 합니다. 기존의 plasmid transfection에 비하여 이러한 과정에 더 많은 관련 기술들이 요구됩니다.

바이러스 벡터 유형

생물의학 분야에서 사용되는 바이러스 벡터로는 렌티바이러스, 아데노부속바이러스 (AAV), 아데노바이러스 등이 있으며, 이들은 각각 장단점을 지니고 있습니다. 아래의 표에 올바른 바이러스 벡터를 선택할 때 고려해야 하는 중요한 점들을 보여드리고 있습니다.

렌티바이러스 AAV 아데노바이러스
Tropism Broad Depending on viral serotype Ineffective for some cells
분열을 하지 않는 세포에 감염이 가능한가? Yes Yes Yes
Transient expression (단기 발현) 또는 stable integration (숙주 염색체 내로의 안정적인 결합)? Stable integration Transient, episomal Transient, episomal
최대 titer High High Very High
맞춤형 promoter 사용 가능? Yes Yes Yes
주요 용도 Cell culture and in vivo In vivo In vivo
In vivo 면역 반응 유발 가능성 Low Very low High

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Transposon 기반의 벡터View more
장점

벡터 DNA가 숙주 세포의 염색체로 영구적인 결합을 함: Transposon 기반의 벡터는 숙주 세포로 벡터를 전달하기 위해서 기존의 transfection을 이용합니다. Transfection에 의한 유전자 전달은 장기적으로 DNA 상실이 일어나기 때문에, 거의 모든 경우에 일시적으로만 세포 내로의 DNA 전달을 하게 됩니다. 빠른 분열을 하는 세포에서 이러한 현상은 특히 두드러지게 일어납니다.  반면에 transposon 기반의 벡터를 사용하는 경우 함께 transfection하는 helper plasmid에 의해서 transposon이 숙주 세포 염색체로 결합하기 때문에 transposon 벡터에 들어 있는 GOI가 숙주 세포 염색체로 영구적인 결합을 하게 됩니다.

기술적으로 간편함: Transfection을 이용하기 때문에 살아 있는 바이러스를 패키징 해야 하는 바이러스 벡터에 비하여 기술적으로 훨씬 간편합니다.

단점

제한적인 세포 유형 범위: Transposon 기반의 벡터는 plasmid 벡터의 경우와 마찬가지로 transfection에 의하여 유전자 전달을 하기 때문에 세포 유형에 따라 효율에 큰 차이가 있습니다. 세포 분열을 하지 않는 세포가 분열을 하는 세포에 비해, 그리고 primary cell의 경우가 immortalized cell lines에 비해 transfection이 더 어려운 경우가 종종 있습니다. 특히 neuron이나 pancreatic β cell과 같은 몇몇 중요한 세포들은 transfection이 어렵기로 악명이 높습니다. 그밖에도 plasmid transfection은 대부분 in vitro 응용 분야에만 한정되며, in vivo 에서는 거의 이용되지 못하는 단점이 있습니다. 이러한 문제들이 transposon 기반의 벡터 시스템의 사용 범위를 제한하고 있습니다.

문서 자료
소책자 & 브로셔

자주 묻는 질문

어떻게 벡터 ID가 부여됩니까?

Vectorbuilder에서 만들어지는 모든 벡터에는 각각 고유한 ID가 주어집니다. 이 ID를 이용하여 벡터 디자인 메뉴의 벡터 정보 찾아보기에서 벡터에 대한 완전한 정보를 찾아보실 수 있습니다. 또한 논문에서 벡터를 인용할 때에도 이 벡터 ID를 사용하시면 됩니다.

모든 벡터 ID는 VB로 시작이 되며, ID를 만드는 규칙은 아래와 같습니다.

Vector ID: VB160903-1018vur

해석:

160903: 벡터가 디자인된 날짜를 년-월-일(yymmdd)로 표시한 것입니다.

1018: 벡터의 일련 번호입니다.

vur: ID를 익명화하기 위하여 임의로 생성된 세자리 알파벳입니다.

Vectorbuilder에서 벡터를 디자인 하신 후에 벡터 정보 페이지에서 벡터 편집하기 버튼을 사용해서 디자인을 수정하실 수 있습니다. 이 경우 수정된 디자인에는 새로운 벡터 ID가 부여됩니다. 이렇게 함으로써 각각의 벡터 디자인에는 영구적인 고유의 ID가 부여될 수 있도록 합니다.

어떻게 벡터의 이름이 부여됩니까?

대부분의 경우에 벡터에 포함되는 promoter와 ORF 같은 구성 요소들이 자동으로 벡터의 이름에 포함됩니다. 이들 구성 요소들이 자동으로 배열이 되어 최종적인 벡터의 이름이 만들어지게 됩니다. 규칙은 아래와 같습니다.

벡터 구성 요소들의 이름을 부여하는 규칙 (promoter, ORF, linker 등)

  • VectorBuilder에서 많이 사용되는 구성 요소들: 구성 요소들의 일반적인 이름이 사용됩니다.
    예: CMV, EGFP, Neo

  • VectorBuilder의 유전자 database에서 가져온 ORF: ORF의 이름은 유전자 이름에 이어서 RefSeq accession 또는 유전자 ID (RefSeq annotation이 안되어 있는 종의 경우)로 구성되어 있습니다. 종을 나타내는 약어가 영어 알파벳 소문자로 다음과 같은 규칙에 따라서 앞쪽에 부가되어 있습니다.

    • 사람, 생쥐, 쥐 등의 종이 한 글자 약어로 “h”, “m”, “r”로 되어 있습니다.
    • 많은 다른 종의 이름은 두 글자 약어로 되어 있습니다: 예를 들어, 고양이는 “ct”, 침팬지는 “ch”, 개는 “dg”로 되어 있습니다.
    • 어떤 종들은 학명에 따른 세 자리 약어와 밑줄로 되어 있습니다: 예를 들어, 초파리 (Drosophila melanogaster)는 “dme_”로 시작됩니다.
    Example of a human ORF from NCBI RefSeq collection: hRHO[NM_000539.3]
    Example of a mouse ORF from VectorBuilder ORF collection: mRho[ORF032112]
    Example of a Drosophila melanogaster ORF from NCBI RefSeq collection: dme_w[NM_057439.2]
    Example of E. coli ORF from NCBI: eco_nhaA[944758]
  • 사용자의 염기 서열: 사용자 자신의 염기 서열을 사용하여 벡터를 디자인하는 경우, 서열의 이름을 정해주셔야 합니다. 사용자가 정의하는 이름은 {} 내에 표시됩니다. 사용자의 서열이 VectorBuilder database에 있는 구성 요소들 중 하나에100% 일치할 때는 database에 있는 이름이 자동으로 그 서열의 공식 명칭으로 정해집니다.
    Example of a user pasted component: {MyGene}

  • VectorBuilder의 database에 있는 ORF를 사용자가 수정하는 경우: VectorBuilder의 database에 있는 ORF를 염기 서열 변이를 도입하기 위하여 사용자가 수정하는 경우, ORF 서열이 변형되었음을 나타내기 위하여 공식적인 ORF 이름 다음에 자동으로 "*"가 부가됩니다. 사용자가 그 이름을 그대로 사용하거나 다른 이름으로 바꿀지의 여부를 결정할 수 있습니다. 사용자에 의해서 이름이 수정되는 경우 {}이 부가되어 사용자에 의하여 이름이 정의되었음을 나타내게 됩니다. Add Tag 기능에 의하여 ORF에 epitope tag이 추가되었을 때에는 서열이 변이된 것으로 나타내지 않습니다.
    Example of an ORF from VectorBuilder’s database that is edited by user: hRHO[NM_000539.3]* 로 자동으로 표시되며, 사용자에 의하여 {MyGene}와 같은 다른 이름으로 변경될 수 있습니다.

벡터의 이름을 부여하는 규칙

  • 모든 벡터의 이름은 알파벳 “p”로 시작됩니다.
  • 벡터 backbone의 약어가 그 다음에 표기되며, 일반적인 backbone들의 예는 다음과 같습니다.
    RP: Regular plasmid
    LV: Lentivirus
    MMLV: MMLV retrovirus
    AV: Adenovirus
    AAV: Adeno-associated virus
    PB: PiggyBac transposon
    Tol2: Tol2 transposon
    ET, BAD or CS: Various bacterial expression vectors
    SC: Saccharomyces cerevisiae
    BV: Baculovirus
  • 생물학적 용도를 위한 약어들은 필요한 경우에 벡터 backbone 약어 다음에 괄호로 표시됩니다. 일반적인 예는 다음과 같습니다.
    Exp: A vector for expressing a gene of interest
    shRNA: A vector for expressing shRNA for use in knockdown
    gRNA: A vector for expressing gRNA for use in the CRISPR system
    En: A vector for testing enhancer activity

벡터 이름을 조합하는 규칙을 보여주는 예

Vector name: pLV[Exp]-Exp-CMV>FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA

해석:

LV: 벡터 backbone이 렌티바이러스입니다.

Exp: 생물학적 용도가 포유류에서 유전자를 발현하기 위함입니다.

Hygro: Marker가 hygromycin B 저항성 유전자입니다.

CMV: GOI의 발현을 하게 하는 promoter가 CMV입니다.

FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA: GOI가 여러 개의 ORF를 포함하는 polycistron입니다. 첫번쨔 ORF는 hRHO[NM_000539.3] 이며, 서열이 사용자에 의하여 변형되었음을 *로 나타냈습니다. ORF의 N terminus는 FLAG tag이, C terminus는 10xHis tag이 부가되었습니다. 그 다음에 IRES로 분리된 두번째 ORF가 있습니다. 이 두번째 ORF는 EGFP이며, N terminus에 3xNLS tag과 C terminus에 HA tag이 부가되었습니다.

벡터에 대한 기술적인 정보들을 어떻게 얻을 수 있습니까?

VectorBuilder는 벡터에 관한 모든 자원을 포괄적으로 제공하기 위하여 많은 노력을 기울이고 있습니다. 당사의 벡터 시스템들과 구성 요소들에 대한 포괄적인 정보 자료들이 정보 자료 > 학습 센터에 있습니다.

벡터 시스템 안내: 이 페이지에는 VectorBuilder에서 제공되는 모든 벡터에 대한 정보가 있습니다.

벡터 구성 요소 안내: 이 페이지에는 VectorBuilder에서 제공되는 모든 벡터 구성 요소에 대한 정보가 있습니다.

또한 VectorBuilder는 고객의 벡터 디자인과 분석을 위한 서열 정렬, shRNA 타겟 디자인, gRNA off-target 분석 등을 할 수 있는 무료 생물정보 분석 도구들을 제공하고 있습니다. 이들은 홈페이지 생물정보 분석 툴 메뉴에서 이용하실 수 있습니다.