온라인 벡터 디자인

Vectorbuilder에서 만들어지는 모든 벡터에는 각각 고유한 ID가 주어집니다. 이 ID를 이용하여 벡터 디자인 메뉴의 벡터 정보 찾아보기에서 벡터에 대한 완전한 정보를 찾아보실 수 있습니다. 또한 논문에서 벡터를 인용할 때에도 이 벡터 ID를 사용하시면 됩니다.

모든 벡터 ID는 VB로 시작이 되며, ID를 만드는 규칙은 아래와 같습니다.

Vector ID: VB160903-1018vur

해석:

160903: 벡터가 디자인된 날짜를 년-월-일(yymmdd)로 표시한 것입니다.

1018: 벡터의 일련 번호입니다.

vur: ID를 익명화하기 위하여 임의로 생성된 세자리 알파벳입니다.

Vectorbuilder에서 벡터를 디자인 하신 후에 벡터 정보 페이지에서 벡터 편집하기 버튼을 사용해서 디자인을 수정하실 수 있습니다. 이 경우 수정된 디자인에는 새로운 벡터 ID가 부여됩니다. 이렇게 함으로써 각각의 벡터 디자인에는 영구적인 고유의 ID가 부여될 수 있도록 합니다.

대부분의 경우에 벡터에 포함되는 promoter와 ORF 같은 구성 요소들이 자동으로 벡터의 이름에 포함됩니다. 이들 구성 요소들이 자동으로 배열이 되어 최종적인 벡터의 이름이 만들어지게 됩니다. 규칙은 아래와 같습니다.

벡터 구성 요소들의 이름을 부여하는 규칙 (promoter, ORF, linker 등)

• VectorBuilder에서 많이 사용되는 구성 요소들: 구성 요소들의 일반적인 이름이 사용됩니다.
  예: CMV, EGFP, Neo

• VectorBuilder의 유전자 database에서 가져온 ORF: ORF의 이름은 유전자 이름에 이어서 RefSeq accession 또는 유전자 ID (RefSeq annotation이 안되어 있는 종의 경우)로 구성되어 있습니다. 종을 나타내는 약어가 영어 알파벳 소문자로 다음과 같은 규칙에 따라서 앞쪽에 부가되어 있습니다.

  • 사람, 생쥐, 쥐 등의 종이 한 글자 약어로 “h”, “m”, “r”로 되어 있습니다.
  • 많은 다른 종의 이름은 두 글자 약어로 되어 있습니다: 예를 들어, 고양이는 “ct”, 침팬지는 “ch”, 개는 “dg”로 되어 있습니다.
  • 어떤 종들은 학명에 따른 세 자리 약어와 밑줄로 되어 있습니다: 예를 들어, 초파리 (Drosophila melanogaster)는 “dme_”로 시작됩니다.
  Example of a human ORF from NCBI RefSeq collection: hRHO[NM_000539.3]
  Example of a mouse ORF from VectorBuilder ORF collection: mRho[ORF032112]
  Example of a Drosophila melanogaster ORF from NCBI RefSeq collection: dme_w[NM_057439.2]
  Example of E. coli ORF from NCBI: eco_nhaA[944758]

• 사용자의 염기 서열: 사용자 자신의 염기 서열을 사용하여 벡터를 디자인하는 경우, 서열의 이름을 정해주셔야 합니다. 사용자가 정의하는 이름은 {} 내에 표시됩니다. 사용자의 서열이 VectorBuilder database에 있는 구성 요소들 중 하나에100% 일치할 때는 database에 있는 이름이 자동으로 그 서열의 공식 명칭으로 정해집니다.
  Example of a user pasted component: {MyGene}

• VectorBuilder의 database에 있는 ORF를 사용자가 수정하는 경우: VectorBuilder의 database에 있는 ORF를 염기 서열 변이를 도입하기 위하여 사용자가 수정하는 경우, ORF 서열이 변형되었음을 나타내기 위하여 공식적인 ORF 이름 다음에 자동으로 "*"가 부가됩니다. 사용자가 그 이름을 그대로 사용하거나 다른 이름으로 바꿀지의 여부를 결정할 수 있습니다. 사용자에 의해서 이름이 수정되는 경우 {}이 부가되어 사용자에 의하여 이름이 정의되었음을 나타내게 됩니다. Add Tag 기능에 의하여 ORF에 epitope tag이 추가되었을 때에는 서열이 변이된 것으로 나타내지 않습니다.
  Example of an ORF from VectorBuilder’s database that is edited by user: hRHO[NM_000539.3]* 로 자동으로 표시되며, 사용자에 의하여 {MyGene}와 같은 다른 이름으로 변경될 수 있습니다.

벡터의 이름을 부여하는 규칙

• 모든 벡터의 이름은 알파벳 “p”로 시작됩니다.
• 벡터 backbone의 약어가 그 다음에 표기되며, 일반적인 backbone들의 예는 다음과 같습니다.
  RP: Regular plasmid
  LV: Lentivirus
  MMLV: MMLV retrovirus
  AV: Adenovirus
  AAV: Adeno-associated virus
  PB: PiggyBac transposon
  Tol2: Tol2 transposon
  ET, BAD or CS: Various bacterial expression vectors
  SC: Saccharomyces cerevisiae
  BV: Baculovirus
• 생물학적 용도를 위한 약어들은 필요한 경우에 벡터 backbone 약어 다음에 괄호로 표시됩니다. 일반적인 예는 다음과 같습니다.
  Exp: A vector for expressing a gene of interest
  shRNA: A vector for expressing shRNA for use in knockdown
  gRNA: A vector for expressing gRNA for use in the CRISPR system
  En: A vector for testing enhancer activity

벡터 이름을 조합하는 규칙을 보여주는 예

Vector name: pLV[Exp]-Exp-CMV>FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA

해석:

LV: 벡터 backbone이 렌티바이러스입니다.

Exp: 생물학적 용도가 포유류에서 유전자를 발현하기 위함입니다.

Hygro: Marker가 hygromycin B 저항성 유전자입니다.

CMV: GOI의 발현을 하게 하는 promoter가 CMV입니다.

FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA: GOI가 여러 개의 ORF를 포함하는 polycistron입니다. 첫번쨔 ORF는 hRHO[NM_000539.3] 이며, 서열이 사용자에 의하여 변형되었음을 *로 나타냈습니다. ORF의 N terminus는 FLAG tag이, C terminus는 10xHis tag이 부가되었습니다. 그 다음에 IRES로 분리된 두번째 ORF가 있습니다. 이 두번째 ORF는 EGFP이며, N terminus에 3xNLS tag과 C terminus에 HA tag이 부가되었습니다.

VectorBuilder는 벡터에 관한 모든 자원을 포괄적으로 제공하기 위하여 많은 노력을 기울이고 있습니다. 당사의 벡터 시스템들과 구성 요소들에 대한 포괄적인 정보 자료들이 정보 자료 > 학습 센터에 있습니다.

벡터 시스템 안내: 이 페이지에는 VectorBuilder에서 제공되는 모든 벡터에 대한 정보가 있습니다.

벡터 구성 요소 안내: 이 페이지에는 VectorBuilder에서 제공되는 모든 벡터 구성 요소에 대한 정보가 있습니다.

또한 VectorBuilder는 고객의 벡터 디자인과 분석을 위한 서열 정렬, shRNA 타겟 디자인, gRNA off-target 분석 등을 할 수 있는 무료 생물정보 분석 도구들을 제공하고 있습니다. 이들은 홈페이지 생물정보 분석 툴 메뉴에서 이용하실 수 있습니다.

High throughput information 시스템에 데이터가 저장되어 있고 개별적인 기준으로 검색하는데 시간이 많이 소요되기 때문에, 일반적으로 QC나 sequencing 데이터를 제공하지 않고 있습니다. VectorBuilder는 생산 및 QC 절차에 대해 전적으로 신뢰하며, 제공된 벡터는 사용자가 디자인한 것과 100% 동일한 서열이라는 것을 보증합니다. 만일 불일치가 발생한다면 당사는 시급히 대응하여 문제를 해결할 것을 약속하고 있습니다.

VectorBuilder에서 만든 벡터를 활용한 연구를 발표할 때는 논문에 벡터 ID를 인용하면 되고, 이는 벡터 ID가 고유한 것이고 VectorBuilder에서 벡터의 상세정보를 검색하는데 사용할 수 있기 때문입니다. 벡터 이름을 포함하여 벡터에 대한 설명 정보를 추가할 수도 있습니다. 또한, VectorBuilder에서 제공하는 서비스를 이용한 연구를 논문에 게재하는 경우에는, 이를 논문에 기술해 주시기 바랍니다. 다음은 예시입니다.

"The lentiviral vector used to overexpress EGFP in our study, pLV[Exp]-Puro-EF1A>EGFP, was constructed and packaged by VectorBuilder. The vector ID is VB160903-1018vur, which can be used to retrieve detailed information about the vector on vectorbuilder.com."