Library 스크리닝
VectorBuilder는 library 제작 및 스크리닝 서비스를 위한 풀 서비스 플랫폼으로 처음부터 끝까지 연구를 간소화하는 것을 서포트 합니다. VectorBuilder의 전문가 팀은 실험 디자인, 고품질 라이브러리 제작, 특정 연구 목표에 맞는 라이브러리 스크리닝을 지원하기 위해 최선을 다하고 있습니다. VectorBuilder는 NGS-validated pooled library 제작부터 효율적인 deconvolution까지 실험 과정 전반에 걸쳐 최고의 품질을 보장합니다.
중점 사항
One-stop shop
클로닝 및 library 준비 분야에서 탁월한 전문 지식을 바탕으로 실험 디자인부터 library 제작, 스크리닝 및 분석에 이르는 최적화된 워크플로우를 제공합니다.
Customization
고유한 연구 요구사항을 충족하고 일정을 단축하며 결과를 개선하도록 디자인된 맞춤형 서비스입니다.
광범위한 경험
다양한 게놈에 대한 광범위한 적용 범위를 갖춘 다양한 유형의 고품질, 고복잡성 library 제작을 전문으로 합니다.
종합적인 스크리닝 솔루션
광범위한 연구요구 사항을 충족하기 위해 in vitro 및 in vivo 스크리닝을 제공합니다.
Custom Libraries
Premade Pooled Libraries
VectorBuilder는 library 제작과 스크리닝의 처음부터 끝까지 서비스가 가능하고 또는 독립형 제품을 제공하여, 필요한 서비스와 library 스크리닝을 정확하게 제공할 수 있습니다.
Order Now!Library 제작 워크플로우
Library design
Oligo synthesis
Library cloning
NGS validation
Virus
packaging of
pooled library
packaging of
pooled library
In vitro or in
vivo screening
vivo screening
NGS
deconvolution
deconvolution
Library 디자인
최적화된 라이브러리를 디자인하는 것은 성공적인 스크리닝 실험에 매우 중요합니다. VectorBuilder의 기술팀은 효율적이고 오류 없는 클로닝 프로세스와 호환되며, 다양한 후속 스크리닝 실험을 위한 적절한 마커나 바코드 서열을 포함하고, 확실한 결과를 위해 높은 signal-to-noise ratio를 갖는 라이브러리 벡터를 디자인하는데 도움을 드릴 수 있습니다. 연구 요구 사항에 따라 lentivirus, AAV, piggyBac, non-viral regular plasmid 및 adenovirus 등 검증된 다양한 전달 시스템 중에서 선택할 수 있습니다.
FCRISPR 또는 RNAi 스크린의 경우, VectorBuilder는 확립된 알고리즘 및 계산 파이프라인을 사용하여 표적 유전자 또는 게놈 영역 목록에 대한 gRNA 또는 shRNA 서열을 디자인하는데 도움을 줄 수 있습니다. 2-vector CRISPR library의 경우 연구자의 스크리닝 전략에 적합한 Cas9 expression vectors를 제작하고 패키징 할 수도 있습니다.
Pooled library 클로닝
벡터 백본에 삽입할 DNA 변이체를 얻기 위해 de novo oligo 합성, directed evolution 또는 여러 방법을 조합한 접근법을 사용할 수 있습니다. 변이체는 최소 cycle로 PCR 증폭하고 높은 coverage로 원하는 벡터 백본에 클로닝 합니다. Library plasmid를 보유하는 E. coli 세포를 증식시키고 exponential growth phase에서 수확하여 glycerol stock을 만듭니다. 바이러스 패키징을 진행하기 전 라이브러리의 coverage와 균일성을 평가하기 위해 plasmid pool에서 NGS 분석을 수행합니다.
Pooled library의 바이러스 패키징
렌티바이러스 또는 AAV 감염과 같은 바이러스 형질도입을 통해 풀링된 라이브러리를 세포에 전달해야 할 수도 있습니다. VectorBuilder는 역가, 순도 및 균일성 측면에서 풀링된 라이브러리의 바이러스 패키징 프로토콜을 크게 개선한 다양한 독자 기술과 시약을 개발했습니다. VectorBuilder는 빠른 소요시간으로 스크리닝 실험에 바로 사용할 수 있는 바이러스 라이브러리를 제공할 수 있습니다.
Click to view more information of virus packaging servicesIn vitro 또는 in vivo 스크리닝
High-throughput library 스크리닝은 분석 방법을 활용하여 유전자 기능 분석, 신약 개발을 위한 타겟 식별, pathway 분석, 유전자 마커 및 표현형 검출을 포함한 광범위한 응용 분야에 대해 방대한 라이브러리를 효율적으로 스크리닝합니다. VectorBuilder의 기술 팀은 세포 및 in vivo 맞춤형 다양한 통합 스크리닝 옵션을 제공하여, cell viability/survival 스크리닝, 약물 내성 스크리닝, pathway 스크리닝, target-based 스크리닝, 독성 스크리닝 및 특정 연구 목표를 중심으로 디자인된 맞춤형 스크리닝을 서포트 합니다.
NGS deconvolution
VectorBuilder는 풀링된 라이브러리 스크리닝에 대한 NGS 분석에 도움을 줄 수 있습니다. 고객의 시료인 게놈 DNA를 보내면 당사는 NGS 라이브러리를 준비해 시퀀싱을 수행하고 데이터를 분석해서, 단 몇 주 안에 각 샘플의 정확한 read count를 제공합니다.
서비스 세부 사항
가격 및 소요시간 Price Match
| Service Module | Brief Description | Price (USD) | Turnaround |
|---|---|---|---|
| Library design | CRISPR, RNAi, barcode, enhancer/promoter, mutation, AAV capsid 및 기타 풀링된 library를 위한 library 벡터 백본 디자인과 타겟 유전자/영역을 위한 gRNA 또는 shRNA 서열 디자인. | Free | 1-4 days |
| Pooled library cloning (including oligo synthesis and NGS validation) | DNA variants를 원하는 벡터 백본으로 대량 병렬 클로닝한 후 Sanger 시퀀싱을 통한 예비 QC 및 NGS에 의한 전체 QC가 이어집니다. 기본 결과물은 E. coli glycerol stock 입니다. | From $2,300 | 5-8 weeks |
| Virus packaging of pooled library | 바이러스 패키징 서비스에 대한 자세한 정보를 보려면 여기를 클릭하십시오. Library 패키징 가격은 단일 벡터 패키징 가격의 1.5배입니다.. | ||
| Pooled screening of library samples | Library의 in vitro 또는 in vivo 스크리닝. Cell viability 스크리닝, 약물 내성 스크리닝, pathway 스크리닝, 리포터 스크리닝, 표현형 스크리닝, 타겟 기반 스크리닝, 독성 스크리닝 및 기타 커스텀 스크리닝 포함 | Please inquire | Project specific |
| NGS deconvolution of post-screening sample | 스크리닝된 세포의 게놈 DNA에서 NGS library 준비, Illumina 시퀀싱(>500x 적용 범위) 및 데이터 분석이 포함됩니다. | From $320 per sample | 3-5 weeks |
주문 방법
고객이 제공하는 library plasmid pool
고객이 제공하는 플라스미드 풀을 사용하는 경우 시료 제출 가이드라인에 따라 준비하여 보내주십시오. 시료의 손상이나 배송 지연을 방지하려면 배송 가이드라인을 따라 주시기 바랍니다. 고객이 제공하는 시료는 당사의 필수 QC를 거치며 각 항목에 대해 추가 $100의 요금이 부가될 수 있습니다. 고객이 제공한 시료는 QC를 통과한 후 생산이 시작됩니다. 고객이 제공한 플라스미드 풀에 대해서는 라이브러리의 복잡성이나 균일성에 대해 보장하지 않습니다.
VectorBuilder는 library 제작 또는 library 스크리닝을 각각 제공할 수도 있고, library 제작과 스크리닝 서비스를 결합하여 제공할 수도 있습니다.
Order Now!자료
Featured Citations
Genetic and pharmacological modulation of DNA mismatch repair heterogeneous tumors promotes immune surveillance
Vito Amodio, et al.
Cancer Cell, 2023, doi: 10.1016/j.ccell.2022.12.003
Products used:
Abstract: Patients affected by colorectal cancer (CRC) with DNA mismatch repair deficiency (MMRd), often respond to immune checkpoint blockade therapies, while those with mismatch repair-proficient (MMRp) tumors generally do not. Interestingly, a subset of MMRp CRCs contains variable fractions of MMRd cells, but it is unknown how their presence impacts immune surveillance. We asked whether modulation of the MMRd fraction in MMR heterogeneous tumors acts as an endogenous cancer vaccine by promoting immune surveillance. To test this hypothesis, we use isogenic MMRp (Mlh1+/+) and MMRd (Mlh1-/-) mouse CRC cells. MMRp/MMRd cells mixed at different ratios are injected in immunocompetent mice and tumor rejection is observed when at least 50% of cells are MMRd. To enrich the MMRd fraction, MMRp/MMRd tumors are treated with 6-thioguanine, which leads to tumor rejection. These results suggest that genetic and pharmacological modulation of the DNA mismatch repair machinery potentiate the immunogenicity of MMR heterogeneous tumors.
>See more<Collapse 
Enhancing CRISPR deletion via pharmacological delay of DNA-PKcs
Núria Bosch-Guiteras, et al.
Genome Research, 2021, doi: 10.1101/gr.265736.120
Products used:
Abstract: CRISPR-Cas9 deletion (CRISPR-del) is the leading approach for eliminating DNA from mammalian cells and underpins a variety of genome-editing applications. Target DNA, defined by a pair of double-strand breaks (DSBs), is removed during nonhomologous end-joining (NHEJ). However, the low efficiency of CRISPR-del results in laborious experiments and false negative results. By using an endogenous reporter system, we show that repression of the DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs)—an early step in NHEJ—yields substantial increases in DNA deletion. This is observed across diverse cell lines, gene delivery methods, commercial inhibitors, and guide RNAs, including those that otherwise display negligible activity. We further show that DNA-PKcs inhibition can be used to boost the sensitivity of pooled functional screens and detect true-positive hits that would otherwise be overlooked. Thus, delaying the kinetics of NHEJ relative to DSB formation is a simple and effective means of enhancing CRISPR-deletion.
>See more<Collapse 
A Single-Cell Transcriptomics CRISPR-Activation Screen Identifies Epigenetic Regulators of the Zygotic Genome Activation Program
Celia Alda-Catalinas, et al.
Cell Systems, 2020, doi: 10.1016/j.cels.2020.06.004
Products used:
Abstract: Zygotic genome activation (ZGA) is an essential transcriptional event in embryonic development that coincides with extensive epigenetic reprogramming. Complex manipulation techniques and maternal stores of proteins preclude large-scale functional screens for ZGA regulators within early embryos. Here, we combined pooled CRISPR activation (CRISPRa) with single-cell transcriptomics to identify regulators of ZGA-like transcription in mouse embryonic stem cells, which serve as a tractable, in vitro proxy of early mouse embryos. Using multi-omics factor analysis (MOFA+) applied to ~200,000 single-cell transcriptomes comprising 230 CRISPRa perturbations, we characterized molecular signatures of ZGA and uncovered 24 factors that promote a ZGA-like response. Follow-up assays validated top screen hits, including the DNA-binding protein Dppa2, the chromatin remodeler Smarca5, and the transcription factor Patz1, and functional experiments revealed that Smarca5’s regulation of ZGA-like transcription is dependent on Dppa2. Together, our single-cell transcriptomic profiling of CRISPRa-perturbed cells provides both system-level and molecular insights into the mechanisms that orchestrate ZGA.
>See more<Collapse 문서 자료
브로셔 & 리플렛
