shRNA knockdown 스코어는 어떻게 계산되나요?

VectorBuilder는 RNAi consortium (TRC)가 사용하는 것과 유사한 규칙을 적용하여 shRNA를 디자인하고 스코어를 매깁니다. 각각의 주어진 RefSeq transcript에 대해 후보 타겟 사이트로 간주되는 가능한 모든 21mer를 검색합니다. 후보들 중 run of ≥4 of the same base, run of ≥7 G or C, GC content <25% or >60% 및 5’ end에 AA 포함하여 knockdown efficiency/ specificity 또는 cloneability을 감소시키는 것으로 생각되는 특징을 포함하고 있는 경우는 제외됩니다. Internal stem-loop, 3’ end에 높은 GC 함량, 알려진 miRNA seed 시퀀스 또는 다른 유전자에 off-target 매치를 포함하는 후보는 knockdown 스코어에 감점을 줍니다. 대체 가능한 transcripts을 갖는 유전자의 경우 모든 transcripts에 존재하는 타겟 사이트에 더 높은 점수를 부여합니다.

모든 점수는 0 이상이며 평균은 ~5, 표준 편차는 ~5, 95%는 15 이하 입니다. Knockdown 스코어가 약 15인 shRNA는 knockdown 성능과 cloneability가 가장 뛰어난 것으로 평가되는 반면, knockdown 스코어가 0인 shRNA는 knockdown 성능이 가장 나쁘거나 클로닝하기 어렵습니다.

Knockdown 스코어는 대략적인 가이드에 불과하다는 점에 유의하세요. 실제 knockdown efficiency는 스코어가 예측하는 것과 크게 다를 수 있습니다. 타겟 사이트의 스코어가 낮아도 잘 작동할 수 있습니다. 또한 3' UTR을 타겟으로 하는 것이 코딩 영역을 타겟팅하는 것만큼 효과적일 수 있다는 점에 유의하세요.