Human Whole-Genome ORF Expression Library

VectorBuilder는 human whole-genome ORF (Open Reading Frame) 컬렉션을 활용하여 다양한 과발현 스크리닝 요구 사항에 대한 ORF library 제작 및 스크리닝 서비스를 제공합니다. 개별 ORF 클론의 시퀀스가 검증되었으므로 모든 백본에서 풀링 또는 어레이 형식으로 커스텀 스크리닝 library를 신속하게 구축하고 비용 효율적인 방식으로 plasmid 또는 바이러스로 실험에 사용할 수 있습니다. Gain-of-function 연구 및 CRISPR 또는 RNAi 결과 검증에 이상적인 ORF library는 유전자 기능, 질병 메커니즘 및 치료제 반응을 조사하고 신약 개발 프로세스를 간소화하는데 귀중한 도구입니다.

중점 사항

16,000개가 넘는 검증된 시퀀스의 human protein-coding ORF의 genome-wide 컬렉션은 ORF 발현 library를 빠른 소요시간과 경제적인 가격으로 제공합니다.

다양한 백본 (e.g. non-viral, viral, transposon), promoters, markers, tags, 바코드 등을 갖춘 다용도 벡터 디자인입니다.

풀링 및 어레이 형태로 제공 가능하며, E. coli glycerol stock이나 스크리닝용 plasmid 또는 고역가 바이러스로 제공할 수 있습니다

강력한 고처리량 pooled library 스크리닝은 in vitro 및 mice, rats, NHPs (non-human primates)를 포함한 다양한 in vivo 모델에서 사용 가능합니다.

Bias 없이 확장 가능한 스크리닝, 멀티플렉싱 분석 등을 위한

library 설계 및 스크리닝 전략에 대한 포괄적인 기술 지원

Talk to our experts to design your ORF library now!

Selecting genes from collection

Library cloning

Library QC

Virus
packaging

In vitro or in
vivo screening

Hit identification

서비스 상세

Service Module	Description	Price	TAT
Library Design	Our process starts with a consultation where our experts will help design the right library for your needs. We guide you to select the right delivery system, choose the appropriate promoter, tag, and marker depending on your screening strategy, and optimize vector design for achieving high signal-to-noise ratio and unbiased readout.	Free	1-4 days
Library Cloning	We conduct massive parallel cloning of sequence-verified ORFs into the desired vector backbone followed by stringent QC. For pooled libraries, we guarantee high fold coverage and uniformity. Deliverables include E. coli glycerol stock or plasmid or high-titer virus. Arrayed libraries can be delivered in 96- or 384-well plates or matrix tubes.	Please inquire	2-3 weeks
Virus Packaging	We package your library plasmids into high-titer viruses with high-fold and uniform coverage. Find detailed information about our virus packaging services here.	Please inquire
Pooled Library Screening	We can conduct streamlined in vitro or in vivo screening of your pooled ORF libraries. The in vivo screening can be performed in rodent models or non-human primate (NHP) models. We can insert barcodes to facilitate the readout at DNA or RNA level.
Hit Identification	We take care of post-screening steps with preparation of genomic DNA or RNA from screened cells, NGS sequencing, and hit analysis. We deliver raw and processed sequencing data as well as project reports to you.

기술적인 정보

유전자 리스트

VectorBuilder의 ORF 컬렉션에는 100 bp에서 10,000 bp까지의 길이를 가진 16,000개 이상의 유전자가 포함되어 있으며, 세포 성장 및 증식, 면역 반응, 발생 및 분화 등과 같은 여러 카테고리와 표준 pathway를 포괄합니다. Library에 포함된 유전자의 전체 리스트는 여기에서 다운로드할 수 있습니다.

Library 설계

정교한 library 설계는 성공적인 스크리닝 실험의 기초입니다. ORF library를 설계할 때 고려해야 할 몇 가지 주요 사항은 다음과 같습니다.

유전자 전달 시스템: ORF library를 위한 viral 및 non-viral 전달 시스템은 뚜렷한 장점과 한계가 있습니다. Non-viral 시스템 중에서 regular plasmid는 간단하고 비용 효율적이며 일시적 발현에 이상적입니다. PiggyBac은 게놈에 integration되어 높은 외래유전자 운반 용량을 제공하는 non-viral, transposon 기반 시스템입니다. Viral 시스템 중에서, lentiviral 벡터는 게놈에 안정적으로 integration되어 장기 발현이 가능합니다. AAV는 non-integrating viral 전달 시스템으로 특히 in vivo에서 높은 안전성과 효율성을 제공하지만 패키징 용량이 제한적입니다.
Promoter: 실험에 따라 constitutive, inducible 또는 tissue-specific promoter가 필요할 수 있습니다. 예를 들어 in vivo 스크리닝은 종종 tissue-specific promoter를 사용하면 이점이 있습니다. 여기에서 promoter에 대해 자세히 알아보세요.
Drug-selection marker: 벡터에 항생제 내성 유전자를 포함하는 것은 성공적으로 형질전환된 세포를 선별하는데 필요합니다. 이미 항생제 내성이 있는 세포주 (e.g. 293T 세포는 neomycin resistant)로 실험하는 경우 library에 다른 selection marker를 선택해야 합니다. 일반적으로 빠르고 효과적인 선택을 위해 puromycin-resistance gene을 권장합니다. 다른 옵션에 대한 정보는 여기에서 확인할 수 있습니다.
Protein tag: His 또는 FLAG tag와 같은 tag를 추가하거나 GFP 또는 mCherry와 같은 fusion protein과 같은 tag를 추가하면, 발현된 ORF의 detection, purification 및 localization에 도움이 될 수 있습니다. VectorBuilder의 tag 컬렉션은 여기에서 확인할 수 있습니다.
Fluorescent/luminescence reporter: ORF에 fluorescent 또는 luminescent 리포터를 추가하면 visualization 또는 cell sorting에 도움이 되어 실시간으로 세포 관련 이벤트를 추적할 수 있습니다. 실험적 필요에 따라 이러한 리포터를 ORF와 직접 융합하여 표적 단백질을 localization tracking하거나, 다른 promoter로 발현하여 non-localized, 독립적인 모니터링을 할 수 있습니다. 리포터에 대해 자세히 알아보려면 여기 를 클릭하세요.
Barcode: Cell 및 molecular 바코드를 사용하면 pooled 스크리닝 실험에서 수천 개의 ORF를 비용 효율적으로 분석할 수 있습니다. 벡터에 바코드를 배치하는 설계에는 효과적인 판독 및 library cloning, 스크리닝 및 deconvolution 프로세스와의 호환성을 보장하기 위한 전략적 고려 사항이 포함됩니다.

VectorBuilder의 디자인 팀은 특정 요구사항에 맞게 ORF library를 커스터마이즈하기 위해 서포트할 수 있습니다. 자세한 내용을 알아보려면 디자인 서포트 의뢰하기를 보내세요.

Pooled vs. arrayed libraries

VectorBuilder ORF library는 Pooled 또는 arrayed 형태로 제공될 수 있으며, 두 형태 모두 다양한 접근 방식과 장점을 가지고 있습니다.

Attribute	Pooled Library	Arrayed Library
Construction	All barcoded ORF-carrying plasmids/viruses pooled into a single mixture	Individually isolated ORF-carrying plasmids/viruses placed in multi-well plates
Screening	High-throughput screening	Systematic study of each ORF
Approach	Across thousands of ORFs simultaneously, with reference and experimental groups	Independently, one ORF per well
Advantages	Quick, cost-effective for large-scale studies, allows simultaneous analysis of numerous ORFs	Precise control over experimental conditions, reduces cross-contamination
Limitations	Challenging to identify specific ORFs responsible for phenotypes without additional deconvolution and validation steps	More labor-intensive and expensive due to individual handling and analysis

in vitro 및 in vivo 스크리닝

VectorBuilder의 전문가 팀은 enriched 유전자를 식별하기 위한 ORF library의 pooled 스크리닝을 in vitro 및 in vivo 시스템에서 모두 수행할 수 있습니다. in vitro 스크리닝은 빠르고 기술적으로 간단하며, 선택한 세포주를 사용하여 발현 차이가 있는 유전자를 빠르게 식별합니다. in vitro 및 in vivo 응용 간의 벡터 translatability에는 in vitro 조건에 맞게 최적화된 벡터가 in vivo에서 동일한 효율성을 나타내지 않을 수 있고, in vitro에서 특정 발현 패턴을 보이는 벡터가 in vivo에서 다르게 작동할 수 있으므로 잠재적인 한계가 있습니다.

in vivo 동물 모델은 배양하기 어렵거나 복잡한 조직 구조 내에 존재하는 세포 유형에서 ORF library를 스크리닝하기 위한 보다 안정적인 플랫폼을 제공할 수 있습니다. 마우스와 NHP가 모두 in vivo 스크리닝에 사용되지만, NHP 모델이 인간과 매우 유사하여 유전자 치료제 응용 프로그램의 효능을 높이는데 도움이 될 수 있기 때문에 선호됩니다. Tail vein, facial vein (neonatal mice 및 rats), intracerebroventricular, subretinal, intravitreal, intratympanic, 및 intramuscular 주사 등 다양한 투여 경로를 사용하여 in vivo 스크리닝을 수행할 수 있습니다. 모든 동물 실험은 AAALAC 인증 시설에서 수행됩니다.

ORF library를 표적 세포 또는 동물에 전달한 후, 리포터 유전자 또는 바코드의 발현을 측정하여 후보군의 활성을 평가합니다. 타겟은 강력한 식별을 보장하기 위해 여러 차례의 스크리닝을 거칠 수 있습니다. 스크리닝 후, 게놈 DNA 또는 total RNA를 분리하여 deconvolution을 수행한 다음 시퀀싱 및 enrichment/depletion 분석을 수행합니다.

정보 자료

문서 자료

리플렛